17 octubre, 2012

Jerga de Laboratorio III


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La gente que trabaja en el laboratorio somos especialmente dados a abusar de la jerga de nuestra profesión (y no me refiero a un trozo de tela gruesa y tosca). El tipo de lenguaje que en el laboratorio nos puede llegar a ser familiar pero que saca de sus casillas al resto del mundo porque en ocasiones más que jerga se convierte en jerigonza.

Seguimos con nuestras palabrejas de laboratorio para que cuando  escuchéis a un friki de laboratorio… sepáis sobre que habla y no os deje con la boca abierta.

La semana pasada os prometí que os contaría cómo corre un científico después de ligar (bueno, sobre todo corre calle abajo de la discoteca si no consigue ligar).

Correr

Según la RAE, hay bastantes formas de correr. Está desde el que corre deprisa, el que deja correr el tiempo y hasta gente que corre de verdad, dejando entre paso y paso los dos pies en el aire (sino sería hacer marcha como Paquillo Fernández claro). 

Pero tan rápido no hombre, que te vas a descoyuntar (Figura de la exposición de The bodies realizada por Gunther Von Hagens)

En el laboratorio corremos algo diferente a como están acostumbrados los lectores, es mas, no corremos nosotros para ser sinceros, corren las máquinas. ¿Y cómo corre una máquina? Pues os pongo la diferencia para que la veáis.

Esta es la PCR que está corriendo

Y esta la que está parada... iguales? No, eso es, una está encendida y la otra no. 

Cuando decimos que vamos a poner a correr un gel, una PCR u otra cosa, en realidad nos referimos a que vamos a poner a funcionar algo, vamos a resolver o separar algo.

Así por ejemplo cuando hablamos de geles de ADN o de proteínas, nos referimos a que vamos a coger las proteínas o el ADN que los tenemos todos juntos y los vamos a introducir en una matriz gelificada que nos hará las veces de tamiz molecular para separar (generalmente por tamaño) nuestro material.

Geles de ADN



El gel macroscópicamente es una gelatina de agarosa a la que le hemos hecho unos agujeritos (pocillos) con forma cuadrada para poner embeber en ellos nuestra muestra de ADN. Cuando sometemos el gel a una fuerza eléctrica, nuestro ADN que está cargado negativamente, se mueve hacia el polo positivo a través del gel. A nivel microscópico, los fragmentos más grandes de ADN avanzarán mas lento por entre los poros del gel y los más pequeños irán más rápido. Por eso en la imagen hay bandas iluminadas más arriba y otras más abajo. A la izquierda del todo hay un montón de bandas que parece ocupar todo el espectro de tamaño; Es lo que se llama un marcador o Leader cuyas bandas son de tamaño conocido y podemos compararlas con las nuestras para ver si el tamaño es adecuado. Cuando tenemos esta imagen, podemos decir que hemos corrido un gel (pero no sobre el gel porque se rompe).

Los geles de proteínas son parecidos pero hechos de poliacrilamida. Son algo más finos y nos valen para separar proteínas.


De nuevo tenemos muchas bandas. Las de arriba corresponden a proteínas de mayor tamaño y peso y las de abajo son proteínas más pequeñas ¿Cuánto más grandes o pequeñas? Pues es fácil si las comparamos con el marcador de peso molecular o Leader que tenemos en el centro de las columnas. Esas marcas pequeñas son de tamaño conocido. Si os fijáis bien, hay bandas más anchas y gordas que otras. Esas bandas tienen más concentración, es decir, hay más proteínas de ese tamaño y por tanto se acumulan todas ahí. Lo mismo ocurre con el ADN.

Y como nos gusta generalizar, pues generalizamos con casi todo. Cuando pongo un autoclave a esterilizar… pones el autoclave a correr. Si pongo una PCR (que explicaré en otro momento lo que es para quien no lo sepa, pero adelanto que es una técnica que sirve para tener miles de copias de ADN a partir de muy pocas), la pongo a correr y hago otra cosa. No se si en todos los laboratorios se utilizará de esta forma la palabra correr, pero al menos para mi es bastante intuitivo que si algo corre es que funciona, que se mueve, que trabaja.

Para saber más sobre geles de Agarosa o de que están coloreadas las bandas de proteínas… no dudéis en visitar La paleta de colores del pinto molecular de Jindetres y Esta cachonda entrada sobre Lemmings

¿Vamos con otra palabra? Corre, corre, corre.

Vortear e Invertir

En los laboratorios (sobre todo los de biología molecular) solemos trabajar con volúmenes muy pequeños y con concentraciones y cantidades exactas. Por tanto es muy importante que todo esté bien mezclado, homogéneo y que si yo cojo 1.5 microlitros (0.0015 mililitros y 0.0000015 L) sea de la enzima o proteína que yo quiero y no solo del agüilla en el que está.

Una forma de que la mezcla de lo que sea esté bien homogénea es invertir el tubo varias veces. Esto no es complicado, es simplemente darle la vuelta al tubo repetidas veces y listo.

Un momento. ¡Que curioso!, estoy buscando una foto donde se vea mejor y he puesto en el buscador “Invertir en ciencia”… Y no sale nada. 

Bueno, os imagináis lo que es darle la vuelta a un tubo con la mano.

Cerrándolo primero Claro

Pero si de verdad queremos algo muy homogéneo, estar seguros de que lo que cojo es una muestra representativa de lo que tengo en el tubito, lo que debo de hacer es vortear o vortexear. ¿Y eso como se hace? Pues con un vortex, ¡CLAROOO! 


Un vortex o agitador vortex no es otra cosa que una cacharro que al presionarlo o bien al darle a un botón, se mueve muy rápido y en forma circular, de modo que si pones un tubo encima como en la imagen… se crea una corriente circular dentro del tubo a mucha velocidad que te asegura que todo queda extremadamente homogéneo y bien removido.  Si cuando acabes se te quedan gotas en la pared, siempre puedes meterlo en la centrífuga unos segundos para que todo se vaya al fondo de nuevo. Ya todo va tomando sentido ¿Verdad? Es lo que se denomina dar un spin a una muestra. 

Solemos utilizar palabras como, agita bien eso, vortexea durante rato o dale un meneo a ver si se resuspende (que no es suspender otra vez sino devolver por ejemplo un pellet a su estado inicial de disuelto). Si vais leyendo las entradas sobre Jerga de Laboratorio en orden, todo va tomando sentido.

Desnaturalizar y Renaturalizar

Hay algo que hacemos a diario en el laboratorio que es Desnaturalizar algo o Renaturalizar algo. Generalmente nos referimos a proteínas o ADN.

La idea es bastante sencilla si lo pensáis. Una proteína de forma Natural tiene una conformación o plegamiento o folding determinado. Podéis visitar esta entrada, O esta otra para aclarar ideas.


Esto es una representación dibujada del plegamiento de una proteína (en concreto la Mioglobina). Los aminoácidos que forman parte de esta proteína en realidad recorren el esqueleto que se ve ahí y lo hacen formando estructuras en forma de hélice, de lámina, de bucle, etc. Para mantener esa conformación o plegamiento, las proteínas se valen de sus propiedades de apetencia por el agua (en el núcleo interior de la proteína están los aminoácidos que no gustan de contactar con el agua (hidrofóbicos) y en el exterior aquellos a los que le gusta un poco más (hidrofílicos). Además hay fuerzas como enlaces de hidrógeno, puentes disulfuro y otras que actúan para que la proteína tenga una determinada forma.

Ahora bien, si yo incremento la temperatura, la vibración de las moléculas que forman parte de la proteína serán mayores, los enlaces se desestabilizarán y la proteína perderá su forma natural, es decir, se DESNATURALIZARÁ. Se puede hacer con productos químicos en lugar de calor y lo mismo sucede con el ADN, pero el principio es el mismo, se pierde la forma natural y por tanto la función.

Si volvemos a bajar la temperatura o quitamos el agente químico desnaturalizante, generalmente la proteína o el ADN vuelven a su estado nativo. Se dice que se ha RENATURALIZADO.

Seguro que ustedes desnaturalizan proteína en casa a diario. ¿O qué creen que están haciendo cuando fríen o cuecen un huevo?





¡Que rico un huevo frito!, sobretodo cuando comienza a hacer reacciones de Maillard Entrada donde explico lo que es la reacción de Maillard

Yo creo que ya os he dado bastante la murga por ahora. Os dejo para que penséis un poco en estas palabras y las meditéis.

Y ya sabéis, cuando hagas una tortilla, mézclese muy bien (aunque no hace falta que llegues a vortexear), desnaturaliza sus proteínas y hazle reacciones de Maillard así to ricas y cuando pongas los huevos en la sartén, déjalos correr un rato.

Se siguen admitiendo ideas y preguntas para esta prolífica sección que espero os esté gustando. Un saludo a todos.